بدأ العمل بنظام المناطق الصناعية المؤهلة لأول مرة عام 1996 عندما أقر الكونجرس الأمريكي - رغبة في دعم عملية السلام في الشرق الأوسط - الاعلان رقم 6955 والذي يجيز منح إعفاء جمركي بالولايات المتحدة الأمريكية للسلع الصناعية التي يتم إنتاجها بين إسرائيل و مناطق صناعية مؤهلة ، وذلك مع تطبيق قواعد المنشأ التراكمي على هذه الدول. و قد توصلت الأردن لبروتوكول خاص بتطبيق القرار المشار إليه في عام 1999.

بالنظر إلى النتائج الاقتصادية الإيجابية التي حققتها تجربة المناطق الصناعية المؤهلة بالأردن ، و إزالة القيود الكمية على المنسوجات و الملابس (في إطار اتفاق المنسوجات و الملابس بمنظمة التجارة العالمية) ، وما شكله ذلك من تهديد للتنافسية الدولية لصناعة المنسوجات والملابس الجاهزة المصرية ، قامت الحكومة المصرية بالاستجابة لمخاوف المنتجين والعاملين بهذه الصناعة من خلال التفاوض مع الولايات المتحدة الأمريكية لإبرام بروتوكول المناطق الصناعية المؤهلة ، وذلك حرصاً على المصالح القومية المصرية المتمثلة ليس فقط في هذه الصناعة وإنما جميع الصناعات المصرية الأخرى. ومن الجدير بالذكر أن أصول صناعة المنسوجات المصرية تبلغ حوالي مليار جنيه مصري و يعمل بها حوالي مليون عامل ، و تساهم بنسبة 30% من إجمالي الصادرات الصناعية المصرية، و تم توقيع بروتوكول المناطق الصناعية المؤهلة المصري بتاريخ 14 ديسمبر 2004 و دخل حيز النفاذ خلال شهر فبراير 2005.

​